Nel 1958, padre Ferdinando Brachini, appartenente all’ordine dei frati francescani, fonda l’Istituto Antoniano in Ercolano (Napoli). Per l’attività svolta, nel 1959, l’istituto viene riconosciuto Ente Canonico statutariamente  finalizzato alla “ istruzione e formazione professionale di soggetti normali e minorati psichici”; nel 1963 diviene Centro di Formazione Professionale con decreto del Ministero del Lavoro; dal 1968, con l’autorizzazione del Medico Provinciale, si va caratterizzando come Istituto Medico-psicopedagogico, trasformandosi da struttura essenzialmente educativa-formativa in Centro medico-riabilitativo, rivolto al trattamento dei soggetti con disturbi neuropsichici in età evolutiva; nel 1982 l’istituto si convenziona con il Sistema Sanitario Nazionale per l’erogazione di trattamenti riabilitativi ai sensi dell’art.26 della Legge 833/78 e della Legge Regionale 11/84. Attualmente le prestazioni dei servizi riabilitativi sono effettuate in due diverse strutture operative situate, l’una, alle falde del Vesuvio presso la sede storica della Fondazione, per i settori Ambulatoriale e Domiciliare e, l’altra, presso una nuova sede realizzata nel corso del 2008 per il settore Semiresidenziale.
Nel 2006 l’istituto trasforma la sua natura giuridica da Ente Canonico in Fondazione, con l’iscrizione al registro delle Persone Giuridiche della Regione Campania al n.199.
Dal 1981, l’istituto Antoniano, al fine di istituzionalizzare le numerose iniziative di formazione ed aggiornamento culturale e professionale, rivolte ad operatori interni ed esterni (insegnanti, educatori, Terapisti della riabilitazione, ecc.), crea un Centro Studi Ricerca e Formazione Permanente. Quest’ultimo ha gestito negli anni corsi biennali di specializzazione monovalente per docenti di alunni handicappati psicofisici, corsi biennali di specializzazione polivalente, corsi triennali per terapisti della riabilitazione e per psicomotricisti, ha organizzato e organizza convegni, seminari, corsi di formazione e di aggiornamento teorico-pratico su varie tematiche di interesse neuropsichiatrico.

L’istituto Antoniano è, inoltre, sede delle attività di tirocinio di numerosi Enti ed Università italiane per la formazione di dottori di ricerca, psicologi, terapisti, educatori, assistenti sociali.